Bei der Generalsanierung wurde neben der technischen Ausstattung und der Struktur des Hauses ein besonderes Augenmerk auf die Instrumente gelegt.
Sie sind das täglich genutzte Handwerkszeug und müssen höchsten Ansprüchen genügen. Wir haben uns für charaktervolle Orgeln mit reduzierter Lautstärke für relativ kleine Räume und ein gemischtes Konzept mit stilistisch gebundenen und vielseitigen Instrumenten von folgenden Firmen entschieden:
Seit Juli 2009 wird Orgellandschaft der HfKM von der Konzertsaalorgel mit 51 Registern auf 3 Manualen und Pedal, erbaut von der Fa. Goll, Luzern, gekrönt und komplettiert.
Die Orgel in der Studienkirche St. Andreas von der Fa. Winterhalter (II/28) kommt barocker und frühromantischer Musik entgegen, wird aber auch allen liturgischen Anforderungen gerecht. Ein ähnliches Konzept weist der Neubau von
Orgelbau Kögler aus St. Florian, Linz auf (III/14).
Orgel im französich-romantischen Stil von Karl Göckel, Mühlhausen-Rettingheim (II/17), im deutsch-romantischen Stil von Orgelbau Mühleisen, Leonberg (III/18).
Stilistisch ungebunden, aber nicht weniger aussagekräftig präsentieren sich die Neubauten von Armin Ziegltrum, Mallersdorf-Pfaffenberg (II/12), Thomas Jann, Alkofen (II/11), Johannes Schädler, Donaustauf (II/10) und Orgelbau Goll, Luzern (III/9).
Seit 1999 besitzen wir eine Orgel nach klassisch-französichem Vorbild von Ives König, Sarre-Union (III/26), und seit 1990 eine an mitteldeutschen Instrumenten des 18. Jahrhunderts orientierte Orgel von den Gebr. Reil, Heerde, (II/11).
Die hauseigene Orgellandschaft wird von zwei älteren Instrumenten der Firmen Führer, Wilhelmshafen (II/9) und Hirnschrodt, Regensburg (II/13) ergänzt
Nachbauten von historischen Tasteninstrumenten wie eine Truhenorgel von Henk Klop, Cembali von Sassmann und
Christian Fuchs und ein Clavichord von Benedict Claas ergänzen die Ausstattung, die Anschaffung eines Hammerflügels von McNulty ist auf den Weg gebracht.
Alle Hörsäle und Klavierunterrichtszimmer sind mit neuen
Flügeln und Klavieren der Firmen Steinway/Hamburg und Steingräber/Bayreuth ausgestattet, der Konzertsaal hat einen adäquaten Konzertflügel (Steinway-D).