Dozent für Orgel an der HfKM Regensburg, studierte Kirchenmusik, Orgel und Cembalo an der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg bei Stefan Baier, Franz Josef Stoiber und Johannes Hämmerle, an der Musikhögskolan i Piteå/Schweden bei Hans-Ola Ericsson und an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien bei Michael Radulescu.
Während seines Studiums erhielt er Preise und Auszeichnungen unter anderem beim Bayreuther Chorleitungswettbewerb sowie beim Deutschen Musikwettbewerb in der Kategorie Orgel.
Seither führte ihn seine rege Konzerttätigkeit als Solist und Continuospieler in viele Länder Europas sowie nach Mexiko, Kuba und Russland.
Als Kirchenmusiker war Markus Rupprecht unter anderem am Dom zu Eichstätt sowie an der Benediktinerabtei Scheyern tätig.
Im dritten Teil von Jon Laukviks Orgelschule zur historischen Aufführungspraxis ist er Mitverfasser des Kapitels über das Orgelwerk Olivier Messiaens.